בעת פטירתו לא היה שם הרח"ו ז"ל, וזה לשונו מילה במילה: "סיפר לי הר' יצחק הכהן ז"ל, כי בעת פטירת מורי ז"ל, כשיצאתי מאצלו, נכנס הוא (היינו מהר"י כהן ז"ל), ויבכה לפניו ויאמר, וכי זו היא התקוה שהיינו כולנו מִתְאַוִּים בחייך, לראות טובה ותורה וחכמה גדולה בעולם. וישיבהו, אילו מצאתי אפילו אחד בלבד צדיק גמור בכם, לא סלקוני מעוה"ז [מעולם הזה] קודם זמני, ועודנו מדבר בזה, שאל עלי, (על הרח"ו ז"ל) ואמר היכן הלך חיים, וכי בשעה כזאת הלך מאצלי, ויצטער מאד, והבין מדבריו כי היה ברצונו למסור לי איזה דבר סתר, אז אמר לו (מהר"י כהן ז"ל) מה נעשה מכאן ואילך, ויאמר (האר"י ז"ל) תאמר לחברים משמי, שמהיום והלאה לא יתעסקו כלל בחכמה זו שלמדתי, כי לא הבינו אותה כראוי, ואמנם הרח"ו לבדו יעסוק בה לבדו בלחישה בסתר, ויאמר (מהר"י כהן) וכי ח"ו אין עוד תקוה, ויאמר אם תזכו אני אבוא לכם ואלמדכם, ויאמר לו, איך תבוא ותלמדנו, אחר שאתה נפטר עתה מעוה"ז, ויאמר לו אין לך עסק בנסתרות, איך תהיה ביאתי לכם וכו' ותיכף נפטר לחיי עולם הבא".